柑桔苗期病害主要有立枯病、茎枯病和苗疫病，发病严重时，常引起幼苗枯死。
1、立枯病 幼苗多在地表或靠近地表的幼茎开始发病。初产生水渍状小斑，扩大后可环绕茎杆，引致皮层腐烂，病部溢缩，上部叶片凋萎或呈白色凋枯。扒开表土拔出幼苗，根部皮层也腐烂且易剥落，仅留木质部。此病在苗圃中常成块发生，在移栽后的苗圃中，发病则较分散。
2、茎枯病 实生苗多在靠近地表面的茎杆上开始发病，初为水渍状病部，扩大后变为暗褐色，病斑稍凹陷，病部长有黑色小粒点，在潮湿条件下引致幼苗茎杆腐烂，幼苗枯死。在当年定植的温州蜜柑幼苗上，病害发生在嫁接口上部，病部表皮初为黄褐色，后变褐色，皮层腐烂后，木质部变淡红色，病部也有黑色小粒点长出，此为病菌的分生孢子器。当病斑环绕整个茎杆后，上部枝叶凋萎枯死，病斑一般不扩散到砧木上。